Бывший специальный агент Фокс Малдер вынужден покинуть Дану Скалли дабы не подвергать опаности как её саму, так и их сына Уильяма. Новой напарницей Джона Доггета в проекте Секретные материалы назначается Моника Рейс. За сыном Скалли и Малдера охотятся суперсолдаты – плод нового сверхсекретного проекта по созданию гибрида человека и пришельца. В конце-концов Скалли приходится отдать сына в анонимную семью, дабы сохранить его жизнь в безопасности. Пробывший год в изгнании Малдер возвращается, чтобы постичь Истину.